1) Каракокшинская пещера

Каракокшинская пещера находится на северо-востоке хребта Иолго в 25 км от Каракольских озер.  Название пещеры происходит от имени реки, расположенной неподалеку. С алтайского языка каракокши означает «синий клинок». Каракокшинская пещера имеетпротяженность около 420 м и глубину около 25 м.  Пещера имеет два этажа, между которыми пролегают соединительные колодцы. Это пещера сквозного типа, имеющая 4 отдельных выхода. Самой известной и красивой частью Каракокшинской пещеры является Зал Орла. Несмотря на то, что под сводами пещеры температура летом составляет около 4 градусов, здесь обитает одна из разновидностей летучей мыши – усатая ночница. 

2) Экологическая пещера (Кек-Таш)

Экологическая пещера, расположенная недалеко от села Камлак, является самой глубокой пещерой с палеозойских слоях на территории РФ. ЕЕ глубина достигает 345 м, а протяженность Экологической пещеры составляет около 2300 м.  Сложность пещеры относится к категории 3Б.  Стены пещеры, сложенные известняками кембрийского периода, имеют синий цвет, что и дало название пещере «Кек Таш» - «синий камень».  В структуре пещеры выделяют несколько гротов, самыми живописными из которых являются Хаос, Вечерний Променад и Мрачный. Также здесь наблюдаются причудливые натечно-капельные образования, изломы, трещены и даже нависшая марена. Экологическая пещера является памятником природы РА с 1996 г.

3) Пещера Музейная или Новокаракольская

Пещера расположена рядом с селом Каракол. Она имеет протяженность около 850 м и глубину, достигающую 30 м, чем и заслужила категорию сложности 1Б. То есть ее посещение возможно лишь в сопровождении гида. Музейная пещера является самой крупной и красивой частью группы Каракольских пещер. Как видно из названия, Музейная пещера отличается удивительной красотой своих залов и гротов, которых здесь насчитывается 6. Здесь встречаются уникальные сталактитовые и ледяные образования – подземные цветы, сталактиты и сталагмиты.